iGBA
Ver 0.08β
実は使ったことないのですが、GBAが出る前からありました。ちゃんと動くみたいです。
VGBA
Ver 1.0
再現度も高く、サウンドも出ます。シェアだけどクラック済み。
DreamGBA
Ver 2.5
BIOSが必要です。8割ぐらいのROMが動きます。オススメ。
VisualBoyAdvance
Ver 0.8
他のと比べると軽いほうなんで私はこれ使ってます。音も再現度もいいです。チート機能もあります。
GBA
TGBDual
Ver 7
なんと通信対戦ができるエミュです。ポケモンとかやりたい人どうぞ。
私はこれ1つで十分だと思います。
rew
Ver 1.2
こちらもゲームボーイエミュ。内臓時計機能があります(こちらもポケモン金銀とかの機能かな)。あとNESやPCEや動きます(笑)  
SMY GB
Ver 0.2
少し前までGBで最高と言われてました。SMYNESと作者は同じです。
対応ROMも多く、使いやすい。
Snes9XW
Ver 1.38
とても扱いやすいです。私はこれを使ってます。定番のエミュです。改造も
できます。再現度もかなりのものです。日本語化パッチを使えばより
使いやすくなるでしょう。
SNES Shot
Ver 3.2
Snes9xをもとにつくっているので、完成度も高いです。 また、自動でROMを
関連付けしてくれるのでクリックしただけで起動もできます。使い勝手は一番
じゃないでしょうか。初心者の方オススメです。
Zsnes
Ver 1.337
元々はDOSのエミュなので設定が少し難しいかもしれません。しかし最強と名高いエミュで、エミュレートが無理だといわれたスターオーシャンがパッチを使えば動くらしいです。改造もできます。

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Famtasia
Ver 5.1
ディスクシステム、ファミリーベーシック等に対応!多機能。使いやすさなどは
何の問題もないですが、動くゲームが少し少ないかもしれません。初心者に
オススメのエミュです。
BIONES
Ver 0.2
サウンドには定評があります。対応するマッパーも多く、上のエミュで動かない
ものもこちらでは動きます。
Nester J
Ver 0.502
フリーの中ではかなりの性能を誇っているエミュ。Nesterの日本語版です。
ROMの対応数もかなりのもので操作も簡単なので扱いやすいです。
私の使っているエミュです。
SMYNES
Ver 1.1
かなり多機能なエミュです。ディスクシステムももちろん対応しています。
シェアですがクラック済ですので使えます。
VirtuaNES
Ver 0.40
こちらもフリーの多機能なエミュです。動作がとても軽いので、動作に
こだわる人や、マシンスペックが低い人にオススメです。